Ayant battu Ansem dans le cœur des mondes, Sora pensait que la vie reprendrait son cours normal, il ne lui restait plus qu’à fermer la dernière porte entre les univers pour que tout soit terminé mais il se produisit quelque chose d’imprévue… La porte devait être fermée des deux cotés, c’est pourquoi Sora dut se séparer du Roi Mickey et de Riku, son ami d’enfance qu’il venait à peine de retrouver. Ceci fait, il se dit qu’il ne lui restait qu’à les retrouver pour mettre un terme à cette histoire mais là encore, ce fut une erreur. Les sans cœurs, créatures des ténèbres, ont envahit de nouveaux les mondes et pire encore, ils les ont tous réunit en un seul, le monde de Kingdom Fantasy. Disney, Final fantasy, Kingdom hearts… Tous ces univers ne font plus qu’un désormais et les sans cœurs sous l’influence de l’organisation XIII dominent les lieux mais il reste toujours un espoir. Un groupe de résistants mènent la lutte pour ramener la lumière dans leurs mondes et pour éliminer l’organisation XIII qui se trouve derrière tout ça !